25. yüzyılda bir virüs sebebi ile dünya nüfusunun büyük bir bölümü hayatını kaybetmiştir. Hayatta kalanlar, baskıcı hükümet düzeninden kurtulmak için yeraltında koloniler halinde yaşamaktadırlar.
Bu kolonilerden birinde bulunan Aeon Flux, hükümet liderine suikast yapmakla görevlendirilince zaman geçirmeden harekete geçer.